El sistema de competición del torneo Clausura 2025 es idéntico al del Apertura, es decir todos contra todos, a dos ruedas, totalizando 22 rondas.
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La variante con relación al primer campeonato del año guarda relación con los juveniles. En el Apertura, la bolsa de 900 minutos la computaban chicos de la categoría 2005 en adelante. Ahora, los clubes se verán obligados a alistar menores de 2007 para arriba, es decir sub 18.
El segundo semestre no solo definirá al monarca y los clasificados a las copas, Libertadores y Sudamericano, sino marcará además los descendidos a la División Intermedia. Los que se encuentran en la zona roja del descenso son Atlético Tembetary y General Caballero de Juan León Mallorquín.
Luqueño, Recoleta FC y 2 de Mayo no deben descuidar el promedio, ya que están ubicados cerca de la zona roja. Una buena campaña de los nómadas rojiverdes, por ejemplo, que dividen por una sola temporada, podría modificar el panorama y complique a uno de estos clubes.