Tras cuatro partidos, el equipo californiano llevaba dos triunfos y dos empates, pero en esta quinta jornada de liga sufrió su primer tropiezo.
Brandon Vázquez y Jon Gallagher marcaron para el Austin mientras que Luca de la Torre anotó para el San Diego.
Este encuentro cerró la jornada 5 de la MLS, marcada por la ausencia de los internacionales debido a la fecha FIFA.
El Philadelphia Union es el líder de la Conferencia Este con 12 puntos seguido por cuatro equipos con 10: Charlotte, Inter Miami (con un partido menos), Nashville y Chicago Fire.
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En el Oeste, los Vancouver Whitecaps ocupan la primera posición con 12 puntos. El Austin es segundo y Los Angeles FC (LAFC) es tercero, ambos con 9 puntos cada uno.