Esta etapa inicial, llamada "fase liga", incluirá seis jornadas, que se disputarán entre el 2 de octubre y el 18 de diciembre. Los ocho primeros de la clasificación pasarán a octavos directamente y del nueve al veinticuatro jugarán una eliminatoria de la que saldrán los que completen los octavos de final.
Después, la competición continuará con el formato actual de eliminatorias a doble partido, hasta la final del 27 de mayo de 2026 en Leipzig (Alemania).
Como cabezas de serie partían Fiorentina, AZ Alkmaar, Shakhtar, Slovan Bravislava, Rapid y Legia Varsovia, todos integrantes del bombo 1 y que quedaron encuadrados de la siguente forma:
- Fiorentina: Dinamo Kiev, AEK Atenas y Sigma Olomouc (LOCAL); SK Rapid, Mainz y Lausana (VISITANTE).
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- AZ Alkmaar: Slovan Bratislava, Jagiellonia, Shelbourne (L); Crystal Palace, Drita y AEK Larnaca (V).
- Shaktar: Legia Varsovia, Rijeka, Breidablik (L); Shamrock Rovers, Aberdeeen y Hamrun Spartans (V).
- Slovan Bratislava: Rayo Vallecano, Estrasburgo, Häcken (L); AZ Alkmaar, Kups Kuopio y Shkendija (V).
- SK Rapid: Fiorentina, Omonoia, U.Craiova (L); Lech Poznan, Zrinjski y Raków (V).
- Legia Varsovia: Sparta Praga, Red Imps, Samsunspor (L); Shaktar, Celje y Noah (V).
Por otro lado, en el bombo 2, además del Rayo Vallecano, lo integraban Sparta Praga, Dinamo Kiev, Crystal Palace, Lech Poznan y Shamrock Rovers. Quedando de la siguiente forma:
- Sparta Praga: Shamrock Rovers, Aberdeen, Raków (L); Legia Varsovia, Rijeka y U.Craiova (V).
- Dinamo Kiev: Crystal Palace, Zrinjski, Noah (L); Fiorentina, Omonia, Samusunspor (V).
- Crystal Palace: AZ Alkmaar, Kups Kuopio, AEL Larnaca (L); Dinamo Kiev, Estrasburgo y Shelboure (V).
- Lech Poznan: SK Rapid, Maguncia, Lausanne-Sport (L); Rayo Vallecano, Red Imps y Sigma Olomuc (V).