El peruano Alfonso Barco y el ecuatoriano José Cevallos acertaron en los penaltis, mientras que el portero Pedro Ortiz tapó el tiro del paraguayo Manu Palma, por lo que Emelec se impuso a su rival tras el empate 0-0 en los 90 minutos.
Además del cobro de Palma, los otros cobradores del Guayaquil City tampoco acertaron en sus ejecuciones. Jonathan Ordóñez y Pablo Mancilla estrellaron sus disparos en los palos y el uruguayo Gerónimo Plaga disparó sobre el travesaño.
Por Emelec fallaron Maicon Solís y el peruano Christian Cueva, pero su cuadro esperará en semifinales al ganador de la llave de cuartos de final entre Liga Deportiva Universitaria de Quito y el Deportivo Cuenca.
Por su parte, el Cuenca Juniors, de la tercera categoría, se impuso por 2-1 al 9 de Octubre, de la segunda división, y accedió a semifinales, instancia en la que se medirá con la Universidad Católica.
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El cuadro cuencano ganó gracias a los goles de Edwin Zambrano y de Roberto 'La Tuka' Ordóñez, mientras que el equipo octubrino descontó a través de Carlos Arroyo.
El campeón de la actual Copa Ecuador accederá a la fase previa uno de la próxima Copa Libertadores.