Hugo Fernández se unió a Olimpia en 2018. Llegó al Bosque de Para Uno tras militar en General Díaz de Luque. En 2021 militó a préstamo en el argentino Defensa y Justicia, retornando posteriormente a Para Uno para coleccionar trofeos.
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Huguito, natural de Ñemby (departamento Central) dio sus primeros pasos en el fútbol en la Academia Daniel Raschle, entre 2005 y 2009.
En 2010 fichó por un club de su ciudad, Fulgencio Yegros. En 2015 pasó al Sport Colombia, al año siguiente retornó al Yegros, desde donde pasó a General Díaz para dar inicio a su carrera profesional.
El explosivo volante ofensivo izquierdo registra siete trofeos ligueros con el Olimpia.