Solo en una edición de la Liga Premium, en el torneo Clausura 2021, los cerristas bajaron de lo más alto del podio, al caer en penales contra Sport Colonial.

El cuadro titular del invicto Ciclón sería con Giovanni González; Enmanuel Ayala, Vicente Pavón, Francisco Martínez y Alan Rojas. DT: Wilhem Guimaraes.
Los “funebreros” arrancarían con Alan Denis; Joel Ibarra, Pedro Garay (C), Iván Méndez y Diego Fukuoka. DT: César Riveros.
Camino de los finalistas. En semifinales, Deportivo Recoleta se impuso por 5 goles contra 2 sobre Deportivo Humaitá, mientras que los cerristas golearon 6 a 2 a Afemec.
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Cerro conquistó 7 triunfos en el camino a su sexto título en la Premium, dejando atrás a Villa Hayes, Star’s Club, Recoleta (3-1), Sport Colonial y La Furia Villeta. En cuartos goleó 4 a 0 a Resistencia.
Recoleta le ganó Sport Colonial, cayó contra Villa Hayes, Cerro Porteño, La Furia Villeta y Exa Ysaty, empató 4-4 contra Star’s. En cuartos perdió contra Exa Ysaty. Fue la sorpresa para llegar a la final, pues solo ganó 2 partidos y empató 1.
Es el primer año que se disputan dos torneos por la Liga Premium. El campeón del Clausura se enfrentará a Sport Colonial monarca del Apertura, para conocer al repersentante paraguayo de la Copa Libertadores 2022.
