Noriega ha sido llamado a juicio por la Sala Penal de la Corte Suprema de Justicia debido a la desaparición de Luis Antonio Quirós, opositor de la dictadura, el 19 de agosto de 1969, según “La Prensa ”.
El Tribunal Superior de Chiriquí dictó el 16 de noviembre de 2007 un sobreseimiento provisional al dictador, pero tras resolver la apelación de la Fiscalía Primera Superior, la Sala Penal de la Corte Suprema afirmó que había pruebas suficientes que situaban a Noriega en Jacú (Chiriquí), último lugar donde Quirós fue visto.
A Quirós, perteneciente al partido Arnulfista, se le acusaba de desertar de la entonces Guardia Nacional y colaborar con guerrilleros, motivo por el que terminó siendo una víctima más de la dictadura.