Livieres, que llegó a acusar públicamente de homosexual al máximo exponente de la Iglesia paraguaya, monseñor Pastor Cuquejo (arzobispo de Asunción), es señalado por el manejo desprolijo en el Seminario Interdiocesano, donde los sacerdotes son consagrados con cuatro años de estudio. (En el Seminario Mayor Nacional de Asunción se exige un mínimo de seis años), situación que será revisada por los enviados del Vaticano.
El obispo de Alto Paraná es acusado además de protección y férrea defensa de Mons. Carlos Urrutigoity, denunciado por diversos casos de abusos contra menores de edad, lo que fue uno de los motivos que obligó la visita apostólica.
Otro punto que revisarán los visitantes es la denuncia contra Livieres sobre el manejo discrecional de recursos transferidos por la Itaipú Binacional y el enfrentamiento con laicos organizados, que incluso llegaron a estrados judiciales.
En una carta al entonces papa Benedicto XVI, el polémico obispo esteño acusó a sus pares del Paraguay de ser afines a la teología de la liberación y no al evangelio.
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La intervención desde Roma se ordenó luego de que Livieres acusara en un acto público de homosexual al arzobispo metropolitano de Asunción, a quien advirtió que si tira una piedra, recibirá otra piedra. Esta postura fue considerada anticristiana al negar disculpas a su hermano en el episcopado. Livieres desacreditó además el trabajo de la CEP en la formación de sus sacerdotes y considera su seminario como la antítesis del Seminario Mayor que forma a los sacerdotes para las otras diócesis.