Super-. 1. Elemento compositivo prefijo que denota ‘lugar situado por encima’: superciliar, superponer; ‘superioridad o excelencia’: superpotencia, superhombre; o ‘exceso’: superpoblación, superproducción. En el español coloquial actual se usa con mucha frecuencia para añadir valor superlativo a los adjetivos o adverbios a los que se une: superútil, superreservado, superbién. 2. Como el resto de los elementos compositivos prefijos, super- es átono y debe escribirse sin tilde y unido sin guion a la palabra base. No se considera correcta su escritura como elemento autónomo.
Súper. 1. Adjetivo invariable, creado a partir del elemento compositivo super-,que significa, dicho de gasolina, ‘de octanaje superior al considerado normal’: nafta súper, gasolina súper. Se usa frecuentemente como sustantivo femenino. También se emplea, en la lengua coloquial, con el sentido de ‘superior o magnífico’. Puede funcionar ocasionalmente como adverbio, con el sentido de ‘magníficamente’: Lo pasamos súper en la fiesta. 2. Sustantivo masculino, acortamiento coloquial de la voz supermercado. Es invariable en plural. En cualquiera de estos usos es un elemento tónico e independiente, que debe escribirse con tilde por ser voz llana acabada en -r.
Fuente: Diccionario panhispánico de dudas, editado por la Real Academia Española y la Asociación de Academias de la Lengua Española.