"Su tarea era destruir ese terrible sistema de opresión que existía desde los tiempo de Stalin", escribió en sus memorias el primer presidente de Rusia, Borís Yeltsin, quien propuso el nombramiento de Bakatin al frente del KGB.

Como "gesto de buena voluntad", Bakatin entregó a Estados Unidos el esquema original del sistema de escuchas del nuevo edificio de la embajada estadounidenses en Moscú.

Fue contrario al desmantelamiento del KGB, pero separó varios de su departamentos, convirtiéndolos en servicios independientes, en particular el de Espionaje Exterior y Protección de Altos Cargos.

Además, Bakatin dejó fuera de la estructura del KGB las tropas guardafronteras y otras fuerzas especiales.

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El 6 de noviembre de 1991 fue nombrado al frente del Servicio de Seguridad Interrepublicano del Unión Soviética, creado en sustitución del KGB, cargó que desempeño hasta el 15 de enero de 1992.