El ataque estuvo dirigido contra la escuela Mayila Wasida, ubicada en el barrio de Rimal, en el oeste de la capital gazatí.
Horas antes, el Ejército israelí confirmó haber atacado otra escuela, la Yafa, ubicada en el noreste de Ciudad de Gaza, para evitar supuestos ataques "inminentes" contra las tropas por parte de un grupo de milicianos que se escondían en el edificio.
El ataque mató a dos personas, según la agencia oficial de noticias palestina, Wafa.
Las fuerzas israelíes no se han pronunciado de momento sobre el bombardeo en la escuela Mayila Wasida.
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Después de 14 meses de una guerra que ha dejado gran parte del enclave destruido e inhabitable, miles de gazatíes se refugian en las escuelas que todavía siguen en pie, y que Israel ataca frecuentemente alegando la presencia de milicianos.
Al menos 44.875 personas han muerto y 106.454 han resultado heridas en Gaza desde que comenzó la guerra, según las últimas cifras de las autoridades sanitarias, que estiman también que los cuerpos de 11.000 desaparecidos siguen enterrados bajo los escombros.