El parque cuenta con una extensión aproximada de 35.900 hectáreas, de las cuales cerca del 20 % corresponde a áreas marinas.
En su territorio convergen diversos ecosistemas, como bosques tropicales, manglares, arrecifes coralinos y playas, que cumplen un papel fundamental para la biodiversidad del Caribe panameño y el bienestar de las comunidades locales.
Esta área protegida fue establecida mediante la Ley 91 del 22 de diciembre de 1976, una normativa que creó el régimen de Conjuntos Monumentales Históricos e integró al histórico poblado de Portobelo y su parque nacional en un mismo esquema de protección, "vinculando de manera pionera la conservación del patrimonio cultural con la protección de los ecosistemas naturales".
Dentro de ella está la Bahía de Portobelo, considerada uno de los puertos "más bellos e históricos del Caribe", así como el pueblo colonial de Portobelo y su sistema de fortificaciones, como los fuertes de San Fernando, Santiago y San Jerónimo, declarados en 1980 Patrimonio Mundial por la Unesco por su importancia en el comercio colonial español y su función estratégica de defensa frente a ataques piratas.
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Desde el punto de vista ecológico, el parque forma parte de la región neotropical y ocupa una de las porciones territoriales más extremas y bajas del istmo centroamericano.
"Su ubicación estratégica, como puente natural entre Norte y Suramérica, le ha permitido desempeñar un rol clave como zona de transición para el desplazamiento de numerosas especies de fauna y flora a lo largo del continente", señaló MiAmbiente en una nota oficial.
En el marco de su aniversario, MiAmbiente destacó la importancia de cuidar y conservar esta área protegida, "respetando las normas ambientales, promoviendo el turismo responsable y contribuyendo a la preservación del patrimonio natural e histórico que distingue a Portobelo como un símbolo del Caribe panameño".