De acuerdo a la empresa Ferrocarril Transandino (FTSA), concesionaria de la vía férrea, la colisión se produjo en torno a las 13.20 hora local (20.20) a la altura del kilómetro 94,4, a su paso por el Pampacahua, un sector de difícil acceso donde únicamente pasan los rieles en paralelo al río Vilcanota, en la región de Cusco.
Las primeras imágenes mostraron que el choque ocurrió en un sector donde existe una única vía donde los trenes circulan en ambos sentidos y al menos una de las dos unidades siniestradas transportaba turistas, tanto nacionales como extranjeros, entre ellos brasileños.
El choque ocurrió entre trenes de Peru Rail y de Inca Rail, las dos únicas compañías ferroviarias que operan la vía concesionada a la compañía Ferrocarril Transandino. Uno de ellos realizaba la ruta de Ollantaytambo a Machu Picchu y el otro hacía lo mismo en sentido inverso.
El Ministerio de Salud señaló en un comunicado que envió al lugar de los hechos un total de doce ambulancias para brindar soporte especializado a heridos, sin determinar aún el número de afectados.
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Por su parte, la empresa Peru Rail señaló que se encuentra evacuando a los heridos en dos autovagones tras haber brindado primeros auxilios al maquinista, el jefe de tren y los pasajeros. "Lamentamos profundamente lo sucedido", manifestó la empresa.
El ferrocarril a Machu Picchu es una ruta más utilizada por los turistas que visitan la ciudadela inca, con un trayectoria de aproximadamente 43 kilómetros que comienza en la localidad de Ollantaytambo y llega al municipio de Machu Picchu, a través de cañones y escarpados paisajes andinos y selváticos a lo largo del río Vilcanota.