El fallo en el sistema central de radiofrecuencias se presentó unos minutos antes de las 10:00, hora local (08:00 GMT), lo que llevó a la suspensión de todos los despegues y aterrizajes de aviones en los aeropuertos griegos, según la emisora pública ERT.
Vuelos procedentes de Irlanda, Barcelona (España) y París (Francia), que ya habían partido cuando se registró el fallo, recibieron la orden de regresar a los aeropuertos de salida.
Otros vuelos fueron cancelados o desviados a aeropuertos de países vecinos.
"El problema técnico, de una magnitud que se aborda por primera vez, continúa bajo investigación y se emitirán nuevos anuncios", señaló en un comunicado el Ministerio de Infraestructura y Transporte de Grecia.
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A partir de las 12.30 hora local (10.00 GMT) empezó la reparación parcial del fallo técnico en las radiofrecuencias, lo que ya ha posibilitado algunos vuelos desde y hacia aeropuertos griegos sin que el problema haya sido solucionado por completo, indicó ERT.
La autoridad de aviación civil del país (HCAA) informó de problemas en el principal centro de comunicaciones de controladores de tráfico aéreo, por lo que no son aún posibles los sobrevuelos de la 'Región de Información de Vuelo' (FIR) de Atenas.
El fallo ha provocado congregaciones de miles de personas en casi todos los aeropuertos helénicos.
Las autoridades griegas siguen investigando las causas que provocó el fallo.