El indicador, que agrupa a los 225 títulos más representativos del mercado, bajó 1.487,22 puntos, hasta situarse en los 51.885,85 enteros.
El índice más amplio Topix, que incluye a las firmas de la sección principal, las de mayor capitalización, perdió un 2,94 %, o 107,35 puntos, hasta las 3.542,34 unidades.
El fabricante de vehículos Toyota, la empresa de mayor capitalización local, cayó un 3,99 %, y su rival Honda descendió alrededor del 2,64 %.
En semiconductores, Advantest se hundió un 5,1 %, mientras que Disco bajó un 2,97 % y Tokyo Electron cedió un 0,28 %.
El principal banco japonés, Mitsubishi UFJ, descendió un 2,06 %, y el gigante de las telecomunicaciones y la inversión SoftBank se desplomó un 6,32 %.
El referente de la electrónica y el entretenimiento Sony registró un descenso del 0,28 %, y la empresa de videojuegos Nintendo cayó un 1,95 %.
En defensa, Mitsubishi Heavy Industries descendió un 3,22 %. La naviera Mitsui O.S.K. Lines hizo lo propio con una caída del 2,08 %.
La inestabilidad en Oriente Medio está provocando una caída global de los mercados bursátiles, después de que durante el fin de semana el presidente de Estados Unidos, Donald Trump, dejara abierta la posibilidad de apoderarse de la isla de Jarg, principal terminal de exportación iraní, y los rebeldes yemeníes hutíes se sumaran al conflicto con ataques hacia Israel.