Se presta a controversia, ya que para algunos analistas las decisiones que se tomen de esta manera no serían legítimas. Además el Cones cuestiona que para los representantes de la educación superior no se haya recurrido a esa instancia, sino que los nominados hayan salido del Consejo de Rectores de Universidades y el Consejo de Directores de Institutos de Educación Superior.
Para la presidenta de Aneaes, los miembros del periodo pasado siguen ejerciendo funciones porque no pueden dejar acéfalo el cargo y no hay irregularidad en el proceso.