Antes de ser elevada a la categoría de distrito el 26 de enero de 1893, San Juan Bautista era llamada Posta San Juan por ser un lugar donde los estancieros y viajeros se quedaban a descansar, cambiar de montado para seguir el vieja a Asunción.
Terminada la Guerra contra la Triple Alianza, en el año 1872 emigraron los ganaderos de Corrientes (Argentina) que trajeron sus ganados y algunos hacendados vinieron con toda su familia a poblar la comarca ideal para la ganadería.
Cuando fue declarado municipio, ya estaba poblado por ilustres personalidades de la época, como Doroteo Barrios y Martina Ferreira de Barrios, padres del genio de la guitarra clásica Agustín Pío Barrios.
En esa época el ingeniero español Santiago Madrigal se instaló en la nueva ciudad para delinear las calles, partiendo desde el atrio de la Iglesia hacia los cuatro puntos cardinales.
En la década del 40 del siglo pasado, San Juan Bautista, durante la presidencia del Gral. Higinio Morínigo, fue declarada capital del departamento de Misiones.
El intendente José Luis Benítez (ANR) destacó los proyectos de su gestión. Dijo que incluyen mejoras de calles y de espacios verdes; la revitalización del casco histórico y también la culminación del anfiteatro Agustín Barrios con apoyo del Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC).
Asimismo, la promoción de la participación de vecinos en el aseo urbano mediante el trabajo mancomunado para el mejoramiento de cuadras. El objetivo es recuperar la imagen de “Ciudad jardín”.
A pedido del intendente el viernes 21 de enero titular del MOPC, Arnoldo Wiens visitó la ciudad para dar inicio al recapado de las principales calles de la ciudad desde la entrada principal.
Los trabajos comenzaron con miras a los festejos fundacionales.
