Muñoz cubrió el trazado 'Marco Simoncelli' de Misano Adriático en 1:40.587, en tanto que el récord absoluto de la categoría lo ostenta el colombiano de origen español David Alonso (KTM), desde el año pasado con un registro de 1:40.184.
Como ya sucediera el primer día, el líder inicial volvió a ser David Almansa (Honda), pero en esta ocasión se encontró con la férrea oposición del líder del mundial, el también español José Antonio Rueda, quien muy activo en todo momento, con un tiempo de 1:40.818, comandó durante algunos minutos la tabla de tiempos.
Las condiciones atmosféricas y de la pista eran buenas y ello propició que los tiempos se rebajasen rápidamente para acercarse a los del primer día, cuando Almansa fue el más rápido con 1:40.596.
Así, a José Antonio Rueda no le duró mucho la primera posición, superado por David Muñoz (KTM), con un tiempo de 1:40.720, apenas 30 milésimas de segundo más rápido que Ángel Piqueras (KTM), quien en 2026 formará equipo con Iván Ortolá en la misma escudería madrileña MSI de Moto2, y con Rueda a 98 milésimas de segundo.
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El español Álvaro Carpe (KTM), que el primer día quedó prácticamente inédito por los problemas con el embrague de su moto, pudo superar la situación y aunque deberá pasar por la primera clasificación, en esta segunda tanda libre tardó apenas unos minutos en ponerse décimo.
Muñoz volvió a rebajar su registro poco después al parar el cronómetro en 1:40.587, que ya era nueve milésimas de segundo más rápido que el tiempo de Almansa en la práctica oficial de la primera jornada.
En esos minutos finales se estableció un estrecho duelo entre Muñoz y Rueda que les llevó a encontrarse en escasamente seis milésimas de segundo de diferencia, con un Ángel Piqueras como el más próximo a ellos a una décima de segundo y es que entre los diez primeros clasificados apenas se registró una distancia de 4,5 décimas de segundo.