Hernán Pérez todavía tenía un año de contrato con la entidad catalana y en la última temporada su protagonismo había crecido: jugó un total de 21 partidos. Sin embargo, el futbolista no entraba en los planes del nuevo entrenador blanquiazul, David Gallego.
El paraguayo llegó al Espanyol en la campaña 2015-16. Su participación fue elevada en los dos primeros cursos, aunque después fue cedido al Alavés. En la 2018-19 recuperó peso a las órdenes del extécnico Joan Francesc Ferrer “Rubi”.
El club catalán le deseó suerte en su próxima etapa profesional y agradeció su compromiso mientras ha defendido la camiseta blanquiazul.