El español Jorge Meré abrió el marcador en el minuto 28, empujando a la red en el área pequeña un balón que había tocado con la cabeza su compañero Mark Uth tras un saque de esquina.
Uth dio el pase para el segundo tanto colonés, el que logró Jonas Hector con un disparo desde fuera del área (36).
El Paderborn acortó su desventaja en el 73, con un gol de Dennis Srbeny, pero ya no tuvo tiempo para más.
En la clasificación, el Colonia se pone provisionalmente con 11 puntos más que su vecino Fortuna Dusseldorf, que juega el domingo en Maguncia (15º) y que ocupa el decimosexto lugar, el que obliga a disputar un repechaje por la permanencia.
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El Paderborn, por su parte, sigue en puestos de descenso directo y a 5 puntos de ese puesto de repechaje.
El sábado, el RP Leipzig, segundo a tres puntos del líder Bayern de Múnich, y el Borussia Dortmund, tercero a cuatro unidades de la primera plaza, intentarán enviar una dosis de presión al gigante bávaro.
El RB Leipzig visita al Wolfsburgo (7º) y el Borussia Dortmund al Borussia Mönchengladbach (4º).
El Bayern, por su parte, jugará el domingo como local ante el Augsburgo (13º).