Aguilar nació en la ciudad de Luque el 2 de abril de 1987 y comenzó a jugar en el Sportivo Luqueño donde debutó en la primera división. Fue ganador del torneo Apertura de 2007. En el auriazul jugó 110 partidos y anotó 7 goles.
En la Selección de Paraguay, el defensor debutó el 22 de Agosto de 2007, bajo la conducción del argentino Gerardo Martino (hoy entrenador de la Selección de México). Allí anotó 4 goles en 28 juegos. Su primer tanto fue el 17 de octubre de 2012 ante Perú, en las Eliminatorias CONMEBOL a la Copa Mundial de la FIFA Brasil 2014. Los restantes tantos se los convirtió a Guatemala (2) y El Salvador, en amistosos internacionales.
Fue transferido al club San Luis de México en 2009, en donde jugó 33 partidos y convirtió 2 goles. Su segundo club en tierras aztecas fue Tijuana, a donde llegó en 2012, en donde obtuvo el Torneo Apertura 2012. En los Xolos, Aguilar tuvo un paso consagratorio que cerró con 9 goles en 58 partidos, para ser transferido a las Águilas del América.
En el Club América, el defensor paraguayo obtuvo el Torneo Apertura 2014 y las Ligas de Campeones de CONCACAF 2014-2015 y 2015-2016. Cerró su campaña con el conjunto americanista con 168 partidos y 19 goles.
Debutó con Cruz Azul el 22 de julio de 2018, en la victoria por 3-0 sobre Puebla. En la Máquina Cementera, el defensa convirtió 9 goles en 77 partidos, y se coronó en la Copa Mx Apertura 2018, y la Supercopa MX 2018-2019.
Fue galardonado como el defensor del año de la Liga MX en la temporada 2018-2019.En la temporada 2019-2020 con Cruz Azul, el zaguero disputó 25 encuentros y anotó 5 goles entre la Liga MX y la CONCACAF Champions League 2020. El defensa guaraní se recupera de una lesión sufrida en el ligamento cruzado anterior de la rodilla izquierda el último 19 de febrero, en el partido entre Cruz Azul y Portmore United de Jamaica, por los octavos de final de la CONCACAF Champions League.