El licenciado Roberto Zacarías fue el primer presidente, mientras que el actual titular es Emilio Zacarías, quien recientemente tuvo la satisfacción de llevar al título a la entidad para escalar de la Primera B a la División Intermedia de la Asociación Paraguaya de Fútbol.
En su rica historia, la institución tuvo su paso en torneos comerciales, en el torneo realizado en el histórico Salesianito, en el que participaba con el nombre de Othelo.
En los años 60 conquistaron varios títulos en ese certamen, conociéndose ya con el nombre de El Colegio. Un década después, luego del paso de los Zacarías en las formativas de Cerro Porteño y Libertad, don Luciano instó a sus hijos a formar su propio club, para trabajar en unidad.
Los rojos compitieron en la categoría de Honor durante 19 temporadas, entre 1983 y 2001. En la segunda división estuvieron nueve años, en la tercera 13 y en el último nivel cuatro.
En el palmarés de la institución aparecen la conquista de la Segunda de Ascenso (hoy Primera C), en 1979. En 1982, Colegiales fue campeón de la Primera B, obteniendo su paso a la máxima categoría.
En 1990, el Rojo conquistó el torneo República, obteniendo su clasificación a la Copa Libertadores. En 1995 fue semifinalista de la extinta Copa Conmebol.
En 1999 fue vicecampeón del torneo Clausura y al año siguiente se dio su segunda participación en la Libertadores. Otros logros se dieron en 2008, con el título de la “B”, repitiendo la conquista en 2021.
Durante 24 años, el estratega Juan Desiderio Zacarías fue entrenador del elenco estudiantil (557 juegos en el máximo circuito), con el que totalizó 20 partidos internacionales.