La institución tuvo sus orígenes en el barrio Virgen de las Mercedes, donde actualmente se encuentra Libertad. El club fue bautizado como Pilcomayo, pero posteriormente fue modificado con la actual denominación, que hace honor al Vapor Tacuarí, que fuera utilizado en la Guerra contra la Triple Alianza.
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El club albinegro obtuvo varios títulos en la categoría de ascenso, específicamente en la tercera división, en los años 1953, 1961 y 1983. Pero la entidad barriojarense empezó a escribir las páginas doradas de su historia recién en el nuevo milenio.
En el año 2002 logró consagrarse como campeón de la División Intermedia, título que le permitió tener su primera incursión en la máxima categoría de nuestro fútbol en 2003, actualmente se apresta para afrontar su decimotercera temporada en el círculo privilegiado.
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En su segundo año en el máximo nivel, concluyó en el tercer lugar logrando quedarse con uno de los boletos a la Copa Libertadores 2005, certamen en el que tuvo la oportunidad de enfrentar a Palmeiras de Brasil.
El “Buque barriojarense” logró sostenerse en la Primera División por 10 años, en la temporada 2012, quedó penúltimo en la tabla de promedios y tuvo que volver a competir en el nivel semiprofesional.
Con pasos en la Intermedia (2013, 2014, 2015 y 2021) y en la Primera División B (2016, 2017, 2018 y 2019), el club buscaba su vuelta en la élite, que se pudo dar recién en el 2021, luego de terminar tercero en la segunda categoría.
En su vuelta al máximo nivel también logró adjudicarse el boleto a la Copa Sudamericana 2023, certamen en el que encaró su tercera participación, tal como en 2007 y 2012.
Entre algunas figuras históricas del club se pueden nombrar a Cristian Riveros, Julio González Ferreira, Raúl Román, Patrocinio Samudio, Emilio “Ancho” Ibarra, Brian Montenegro, Cirilo Mora, Gerardo Traverso, Lorenzo Silva, Grégor Aguayo, Carlos Servín, Diego Centurión, Cristian “Ballena” Fatecha, entre otros.
Actualmente integra el plantel principal de Tacuary, el zaguero Luis Cabral, hombre récord en apariciones en nuestro balompié con 599 partidos, el futbolista vigente con más juegos en la élite de nuestro fútbol.