La negociación, con la opción de compra por el 80% de su pase al término del préstamo, se cerró en las últimas horas del mercado de pases de la Liga Profesional, donde el club de La Paternal buscaba reforzar con urgencia el sector derecho de su defensa.
Núñez regresa al fútbol sudamericano tras su paso por el Clube Desportivo Nacional, de la Primera División de Portugal, donde disputó la temporada 2025/26. En el conjunto luso sumó 21 partidos, marcó un gol y brindó dos asistencias.
Luego de finalizar su cesión en Europa, el defensor volvió a Cerro Porteño para el inicio del torneo Clausura, aunque apenas disputó 29 minutos: 27 frente a Sportivo 2 de Mayo y dos en el encuentro contra Sportivo Trinidense, antes de concretarse su salida.
Formado en las divisiones inferiores del Ciclón, Núñez también cuenta con un importante recorrido en las selecciones juveniles de Paraguay. Fue campeón de los Juegos Odesur 2022 y del Torneo Preolímpico Sudamericano Sub 23 de 2024, además de integrar la delegación albirroja que participó en los Juegos Olímpicos de París 2024.
Con su incorporación a Argentinos Juniors, Alan Núñez se convierte en el futbolista paraguayo número 34 que competirá en la Primera División del fútbol argentino durante la temporada 2026.