Arce anotó en los minutos 45 y 57, mientras que Villamil puso la guinda en el 73.
El partido de vuelta de la final se jugará el próximo sábado en la cancha de Independiente del Valle.
Un empate en goles en el partido de vuelta llevará la final a una tanda de penaltis.
El entrenador argentino Javier Gandolfi promovió tres cambios en el once titular de Independiente del Valle que dejaron un desempeño discreto: los defensas Anthony Landázuri y Beder Caicedo, así como el paraguayo Luis Zárate.
El extremo Daniel De la Cruz pudo poner en ventaja a Liga con un remate a distancia que devolvió el horizontal.
El portero argentino Guido Villar, bloqueó una posibilidad para gol del paraguayo Arce.
Independiente privilegió la propuesta defensiva, y prefirió el contraataque.
El portero Alexander Domínguez evitó una oportunidad clara del argentino Cristian Zabala.
Liga de Quito, del entrenador argentino Pablo Sánchez, cerró el primer tiempo con el primer gol del paraguayo Arce, que aprovechó una asistencia de Jhojan Julio y con golpe de cabeza anidó el balón en el arco de Villar.
El cuadro del Valle salió en procura del empate, de lo que se aprovechó Liga para fabricar nuevas ocasiones para ampliar el marcador, que lo logró al minuto 57 otra vez con Arce tras asistencia de Ramírez.
El tercer gol del campeón fue del boliviano Villamil, que desde fuera del área, con remate a media altura derrotó al portero Villar.
Ficha técnica:
3. Liga de Quito: Alexander Domínguez; Daniel De la Cruz, Ricardo Adé, Richard Mina, Leonel Quiñónez; Lucas Piovi, Fernando Cornejo (m.81, Madison Julio), Gabriel Villamil, Bryan Ramírez (m.70, Lisandro Alzugaray); Jhojan Julio (m.87, Luis Estupiñán) y Alex Arce (m.80, Michael Estrada).
Entrenador: Pablo Sánchez.
0. Independiente del Valle: Guido Villar; Anthony Landázuri, Luis Zárate, Richard Schunke, Beder Caicedo; Joao Ortiz (m.62, Kendry Páez), Cristian Zabala, Bryan García (m.62, Romario Ibarra), Yaimar Medina; Keny Arroyo (m.78, Renato Ibarra) y Jeison Medina.
Entrenador: Javier Gandolfi.
1-0, m.45: Alex Arce. 2-0, m.57: Alex Arce. 3-0, m.73: Gabriel Villamil.
Árbitro: Bryan Loayza, de Ecuador, amonestó a Michael Estrada.
Incidencias: Partido de ida por el título de la Liga Pro de Ecuador jugado en el estadio Rodrigo Paz Delgado de Quito.