Puebla jugó desde el minuto 11 con un hombre menos por la expulsión de Fernando Monarrez, pero se plantó bien a la defensa y resistió con felinas intervenciones del guardameta Ricardo Gutiérrez.
Los celestes inclinaron la balanza en el minuto 78 gracias a la asistencia del uruguayo Gabriel Fernández a Paradela.
Cruz Azul ascendió al cuarto puesto del torneo con 6 puntos, 3 menos que el líder Guadalajara.
En otro partido, el ecuatoriano Adonis Preciado convirtió un gol, pero fue insuficiente para Tijuana, del entrenador uruguayo Sebastián Abreu, que empató 1-1 con San Luis.
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Tijuana ocupa el sexto puesto con 5 puntos y San Luis es séptimo con 4.
El telón de la tercera jornada caerá este domingo con tres partidos: Pumas-León, Santos Laguna-Juárez y Pachuca-América.