Olimpia volvió a ser campeón y conquistó su título local número 41. Además, se consagró después de dos años y cinco meses. El último logro había sido en el Clausura 2015 cuando derrotó 2-1 a Cerro Porteño en la finalísima. En el nuevo milenio, el Decano dio seis vueltas olímpicas entre torneos paraguayos y copas internacionales: Campeonato 2000, Copa Libertadores 2002, Recopa 2003, Clausura 2011, Clasuura 2015 y Apertura 2018.
En el 2000, el Franjeado ganó el Apertura como también el Clausura y fue campeón absoluto del año. En el segundo certamen, jugado con Liguilla, venció a Guaraní en la final: ganó 1-0 en la ida y 3-1 en la revancha, el 28 de noviembre y 3 de diciembre respectivamente. En el 2002, el conjunto dirigido por Nery Pumpido definió la Copa Libertadores y superó al Sao Caetano en los penales. Después de la victoria del conjunto brasileño 1-0 en Asunción, Olimpia ganó 2-1 en la vuelta y 4-2 en la tanda.
El Tricampeonato de América permitió disputar la final de la Recopa el 12 de julio 2003. Conducido por Luis Cubilla, el Decano derrotó 2-0 a San Lorenzo de Almagro (campeón de la Copa Sudamericana) en el Coliseo Memorial de Los Ángeles. Tuvo que pasar varios campeonatos para que Olimpia vuelva a gritar campeón: en el Clausura 2011, Gerardo Pelusso fue el técnico ganador y definió el título en la última jornada en la victoria 2-1 ante Rubio Ñu.
Por su parte, en el Clausura 2015, el Franjeado, dirigido por Francisco Arce, llegó a la fecha 22 con la misma cantidad de puntos que Cerro Porteño. En una finalísima, el Franjeado superó 2-1 al Ciclón con goles de Fredy Bareiro y del uruguayo Diego Lugano, en contra. Y por último, con anticipación en el Apertura 2018, el conjunto de Daniel Garnero venció 2-1 a Libertad, con tantos de William Mendieta y Néstor Camacho, en la jornada 20.