Ni una hora duró en la pista la número tres del mundo, que nunca ha llegado a octavos de final en este Grand Slam.
La alemana dio la sorpresa en el primer set y aplastó a Kontaveit en el segundo, ganando 16 de los últimos 18 puntos del encuentro.
Pese al ránking de la estonia, apenas había ganado un partido, en primera ronda ante Bernarda Pera, desde mediados de abril, cuando alcanzó la tercera ronda en Stuttgart, que se disputa sobre tierra batida.
Con este resultado, Kontaveit, que ganó cuatro títulos la campaña pasada, acumula en un mes una salida en primera ronda en Roland Garros y una en segunda ronda aquí.
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Niemeier se enfrentará en tercera ronda a la ganadora del duelo de ucranianas entre Anhelina Kalinina y Lesia Tsurenko.