Los pasafaunas serán túneles bajo de la ruta, que permitirán a los animales cruzar de un lado a otro de la vía sin correr peligro. Tendrán 12 metros de longitud, y tanto en la entrada como en la salida se contempla la colocación de un vallado perimetral, recubierto con vegetación típica de la zona, que servirá para encauzar el paso de los animales.
Para la construcción de los pasafaunas se hicieron monitoreos de la fauna en zona de obras, a fin de determinar el número de avistamientos por especie en el área de influencia del proyecto, para definir dónde hacer los pasafaunas. Así, por ejemplo, en el Tramo 1, donde se constituyen los primeros 12 km de la zona de Loma Plata, se avistaron en agosto una gran cantidad de especies endémicas del Chaco, algunas incluso en peligro de extinción, como el yaguareté, el guacamayo rojo.
La Ruta Bioceánica tiene una extensión de 277 kilómetros y contará con un total de 13 pasafaunas, según el Ministerio de Obras Públicas y Comunicaciones (MOPC).