- El islam y la violencia (discurso de Ratisbona, septiembre de 2006): el tema de la conferencia del Papa en una universidad bávara se centró en los vínculos entre la fe y la razón. Pero la cita de un emperador bizantino del siglo XII sobre los lazos entre el islam y la violencia provocó una ola de indignación en el mundo musulmán. Esta crisis condujo a Benedicto XVI a multiplicar sus llamados al diálogo entre las religiones, “respetando sus diferencias”.
-Pueblos autóctonos y conversión (Brasil, mayo de 2007): durante su viaje a Brasil, el Papa afirmó que la evangelización de los pueblos autóctonos de América “no conllevó en ningún momento una alienación de las culturas precolombinas y no impuso una cultura extranjera”, guardando silencio respecto a las matanzas que acompañaron la evangelización de América.
Diez días después, tras la polémica levantada por sus declaraciones, Benedicto XVI evocó los “sufrimientos e injusticias” de aquellos pueblos durante la conquista del continente.
-Aborto y política (Brasil, mayo de 2007): a bordo de un avión que lo llevaba a Brasil, el Papa justificó las amenazas de excomunión de ciertos obispos contra los políticos que legalizan el aborto.
-Integrismo y negacionismo (enero de 2009): un decreto papal levanta la excomunión de cuatro obispos integristas, de los cuales uno, el británico Richard Williamson, mantuvo públicamente posturas negacionistas del Holocausto de los judíos por los nazis. Esta decisión generó una enorme controversia así como profundas tensiones con el mundo judío y malestar con parte de los católicos, lo que obligó al Vaticano a rectificarse.
-El preservativo y el sida (marzo de 2009): en un avión que lo llevaba a África, el Papa declaró que no se podía “arreglar el problema del sida (...) con la distribución de preservativos” que, “al contrario, agravaban el problema”.
-Pío XII (diciembre de 2009): Benedicto XVI proclama venerable al papa Pío XII, cuestionado por su silencio durante el Holocausto perpetrado por los nazis durante la Segunda Guerra Mundial, lo que suscitó fuertes protestas de las comunidades judías de Berlín y Roma, entre otras.
-Pederastia (principios de 2010): la revelación de la magnitud de los casos de pederastia en el clero irlandés, conocida durante el otoño boreal de 2009, a la que se sumaron nuevas revelaciones en numerosos países de Europa así como en Estados Unidos comenzaron a salpicar al Papa con artículos en la prensa alemana y estadounidense que cuestionaban el silencio e inacción frente a esas denuncias.