Los datos señalan que Báez conducía su camioneta Ssangyong con chapa BFB 076 por la Ruta 10, cuando cerca de las 23:00 colisionó contra un tractocamión Scania blanco con matrícula AJL 151, que estaba al mando de Herminio Ortiz. Este último estaba acompañado por Ramón Cabrera.

Según los policías intervinientes, la colisión se produjo presumiblemente porque uno de los rodados realizó un adelantamiento indebido y pasó al carril contrario. El camión de gran porte transportaba más de 30.000 kilos de productos fertilizantes y se dirigía con dirección a Curuguaty.

De acuerdo con el informe policial, Báez Maldonado habría muerto en forma instantánea como consecuencia de los golpes y traumatismo de cráneo que sufrió en el encontronazo entre los dos automotores. Su cuerpo quedó atrapado en el habitáculo de su camioneta, entre los hierros retorcidos.

Los ocupantes del camión Scania, por su parte, resultaron con lesiones y fueron trasladados al Hospital distrital de Santaní. Más tarde fueron dados de alta tras ser atendidos por los médicos de guardia y se retiraron del nosocomio.

Emilio Báez Maldonado era conocido como el principal impulsor del sistema de la maquila en nuestro país, por lo que su muerte es considerada como una sensible pérdida para el Paraguay.