La reliquia del primer santo paraguayo se encuentra entronizada en la capilla de los Santos Mártires, ubicada a un costado del templo de Cristo Rey (Colón e Ygatimi).

Según la historia, el 15 de noviembre de 1628 el padre Roque, cuando levantaba la campana después de la misa, fue herido de muerte con un hacha de piedra por un indígena. El sacerdote mártir tenía 52 años. Igual suerte corrió el padre Alonso Rodríguez y dos días después el padre Juan del Castillo fue torturado y muerto por los indios en la zona del Ca’aró, actual territorio del Brasil.

Al día siguiente los naturales volvieron al lugar donde dejaron los cuerpos quemados de los padres Roque y Alonso. El corazón del sacerdote compatriota milagrosamente no fue reducido a cenizas y les habló a los asustados indígenas: "Aunque me maten, no muero, porque mi alma va al cielo y yo me apartaré de ustedes, pero volveré"; luego fue recogido por otros misioneros. Fue llevado a Roma y fue traído 300 años después a Buenos Aires y en 1960 regresó a Asunción.

Para el padre Rojas, uno de los propulsores de la canonización, el corazón se encuentra en estado "vítreo", sin forma, producto del paso de los años. Relató que los próximos días llegará desde EE.UU. un técnico que analizará el corazón para su conservación permanente. De momento el relicario permanecerá quieto en la capilla de los Santos Mártires para evitar movimientos imprudentes que lo convertirían en polvo.

El corazón de Roque es una de las reliquias históricas más valiosas con que cuenta el Paraguay. Los brasileños de la zona de Río Grande do Sul siempre lo reclamaron por el aprecio que tienen al compatriota que en la zona fundó varios pueblos. Otro argumento que esgrimen es la poca devoción que tienen los paraguayos hacia el santo; sin embargo, en el Brasil cada 15 de noviembre se lo recuerda con multitudinarias concentraciones.