La obra fue construida mediante una comisión especial integrada por vecinos de Encarnación y un aporte de la entidad binacional Yacyretá de unos 1.800 millones de guaraníes. Comprende un templo, un mirador de 30 metros sobre el nivel del río donde está ubicado el campanario y trabajos de nivelación y construcción de un gran muro de piedra donde antiguamente estaba la gruta y el santuario, y camineros que circundan todo el sector.

La iglesia tiene la forma de un barco, con la proa (parte delantera) apuntando hacia el río. El altar está ubicado en la proa del barco, y es totalmente vidriado. Las puertas principales de acceso al público están ubicadas en la popa (atrás). Desde arriba la imagen que ofrece es algo parecida a un arca, totalmente cerrada, con techo de zinc.

La forma de barco es en memoria de aquellos navegantes que en el siglo pasado habían hecho nacer la costumbre de venerar y rendir devoción a la Virgen de la gruta.

La superficie que abarca todo el complejo es de unos 6.700 metros cuadrados. Frente al acceso principal del templo existe una gran explanada arbolada con sistema de iluminación y en un sector ubicado frente a la "proa" del templo se ubicará la imagen de la virgen, de frente al río. Un sendero peatonal rodea en semicírculo a la iglesia y pasa frente a la imagen de la Virgen.


PROTECTORA DE LOS NAVEGANTES

El santuario de la Virgen de Itacuá está enclavado sobre un promontorio de exuberante vegetación a orillas del río Paraná, conocido como Itacuá. El nombre ita (piedra) y cua (agujero o hueco) proviene de una gruta natural en la roca, donde estaba alojada la imagen de la Virgen.

El lugar se convirtió en sitio de veneración a la Virgen desde las primeras décadas de 1900, y se origina en los testimonios de navegantes que empleaban el río, única vía de comunicación de entonces, entre esta zona y el Alto Paraná.

Según la leyenda, una Virgencita se le aparecía a los marineros cuando cruzaban por el lugar y les servía de guía para sortear el irregular lecho del río en este sector, donde existen numerosos promontorios bajo la superficie del agua.

Era creencia que quienes no la saludaban con el silbato del barco podría tener un accidente en el camino y se hizo común la práctica de saludarla al pasar frente al promontorio.

Años después, mediante gestiones de misioneros del Verbo Divino, se instaló en la gruta una pequeña imagen de la Virgen traída desde Europa, con lo que la costumbre de peregrinar hasta el lugar cobró fuerza.

Actualmente, miles de devotos marianos veneran a la Virgen de Itacuá cada ocho de diciembre, coincidente con las celebraciones de la Virgen de Caacupé.