Luego del incidente de 1946 se quedó viviendo en la Embajada paraguaya durante varios meses hasta que le dieron un salvoconducto para ir a Asunción, luego pasó a Buenos Aires, donde obtuvo asilo político y desde allí ganó las elecciones años más tarde.

Retornó al país en 1952 para encabezar la Revolución Nacional, movimiento que llevó a cabo transformaciones importantes y de beneficio para la gran mayoría de la población, como la nacionalización de las minas, la reforma agraria, el voto universal y la reforma educativa.

En 1956 volvió a ser elegido presidente y luego otra vez en 1964. Aún en el Gobierno, buscó la reelección y eso motivó su caída. En 1985, fue elegido por cuarta vez presidente de la República, periodo en el cual dictó políticas que permitieron la reactivación económica de Bolivia, pese a que algunas estuvieron en contraposición de las reformas que había hecho durante la Revolución Nacional.

Finalizada su gestión, en 1989, se retiró de la vida política y se radicó en Tarija, su ciudad natal donde murió a la edad de 93 años.