Pero en la antigüedad no se cultivaban por su raíz sino por sus hojas y semillas aromáticas, tal como hacemos con sus parientes cercanos el perejil, el hinojo o el comino. Es en el siglo I cuando se documenta el uso de la raíz en la antigua Grecia y Roma, con fines medicinales, ya que se consideraba un potente afrodisíaco.
Más tarde, cuando los comerciantes árabes extendieron la semilla de zanahoria por Asia, África y Arabia, surgieron variedades con diferentes tonos de púrpura, blanco, amarillo, verdes e, incluso, negro. La primera zanahoria naranja vino mucho más tarde. Se cultivó en los Países Bajos en los siglos XV o XVI y fue el resultado de un cruce deliberado de especies para que coincidiese el color del vegetal con el de la casa real holandesa de Orange-Nassau. En aquella época, constituyó un símbolo de rebelión durante la lucha por la independencia holandesa o la Guerra de los Ochenta años para liberar a las diecisiete provincias de los Países Bajos (incluyendo a Bélgica y Luxemburgo) del reinado de España. Los holandeses eran los principales productores europeos de zanahorias, y todas las variedades modernas descienden de sus cuatro tipos de color naranja: la Early Half Long, la Late Half Long, la Scarlet y la Long Orange.