Si bien ambos bandos jamás entraron en conflicto abierto debido a la posibilidad de una destrucción total mutua, ya que tanto los Estados Unidos como los soviéticos contaban con armas nucleares, la Guerra Fría fue un conflicto de ideologías, influencias y guerras de terceros.
Aliado histórico de los Estados Unidos, Paraguay “peleó” la Guerra Fría del lado del gigante del Norte, persiguiendo -al igual que varios otros estados latinoamericanos, muchos de los cuales también tuvieron sus propias dictaduras militares durante la segunda mitad del Siglo XX- y reprimiendo cualquier manifestación del comunismo soviético en el país.
En ese contexto, Paraguay -junto con Argentina, Bolivia, Brasil, Chile y Uruguay, con el apoyo logístico de los Estados Unidos- participó de la Operación Cóndor, una campaña de represión política con el objetivo de eliminar la influencia socialista y comunista a través de las agencias de inteligencia de esos países.
Los detalles del operativo permanecieron en secreto hasta 1992, cuando el juez paraguayo José Fernández halló en una comisaría de Lambaré los llamados “archivos del terror”, que detallaban el destino de decenas de miles de ciudadanos latinoamericanos exiliados, secuestrados, torturados o asesinados por los regímenes participantes de la operación, además de revelar que países como Colombia, Perú y Venezuela también formaron parte del mismo, aunque en calidad más esporádica.
El número de personas asesinadas en el marco del Operativo Cóndor no se conoce con exactitud, aunque se estima que las víctimas serían al menos 60.000, en todos los países participantes.
La guerra de influencias entre Estados Unidos y la Unión Soviética continuó hasta finales de la década de los '80, cuando Rusia comenzó a reformarse bajo el liderzgo de Mikhail Gorbachev, luego de duros golpes al bloque comunista como fueron la derrota en la guerra soviética en Afganistán, el accidente nuclear de Chernobyl, en 1986, y la sistemática descentralización del control de los países satélite de la Unión Soviética.
En el mismo período de 1989 en que Stroessner fue destituido del poder en Paraguay, en la Unión Soviética se celebraban las primeras elecciones con múltiples candidatos y los medios comenzaban a diversificarse. Dos años después, la Unión Soviética quedaría oficialmente disuelta, finalizando así la Guerra Fría.