Choi presentó su dimisión minutos antes de que la Asamblea Nacional votara una moción de destitución en su contra.
"Me disculpo con el pueblo por no poder continuar con mis funciones en medio de las graves condiciones económicas internas y externas", dijo en un comunicado difundido por su cartera, según informó la agencia local Yonhap.
El primer ministro y presidente interino saliente, Han Duck-soo —quien se perfila como candidato presidencial para los comicios de junio— aceptó de inmediato la renuncia.
Choi ya había asumido brevemente el liderazgo del Ejecutivo el 27 de diciembre, tras la destitución temporal de Han, y se esperaba que volviera a ocupar el cargo tras la dimisión de este último.
La moción de destitución, impulsada por el Partido Democrático (PD), lo acusaba de retrasar la designación de un juez del Tribunal Constitucional, entre otras irregularidades. Corea del Sur atraviesa una fase de gran inestabilidad política tras la destitución del expresidente Yoon Suk-yeol, el pasado 4 de abril.