Guilbeault, que en el anterior Gobierno encabezado por Justin Trudeau fue el ministro de Medio Ambiente y patrocinó políticas para la reducción de las emisiones de carbono del país, criticó en un comunicado el acuerdo y dijo que lo rechaza "con fuerza".
La dimisión de Guilbeault es la primera crisis de Gobierno a la que se enfrenta el primer ministro, Mark Carney, desde que llegó al poder en abril de este año.
En un comunicado, Carney agradeció a Guilbeault su trabajo y reafirmó el compromiso de su Gobierno de crear una "economía sostenible a través de ambiciosas inversiones".
Pero añadió: "Una estrategia climática basada solo en regulaciones y prohibiciones no logrará nuestros objetivos climáticos porque no podrá generar la alineación de intereses requeridos para esta labor histórica".
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El memorándum de entendimiento anunciado este jueves, además de señalar la construcción de un oleoducto para exportar el crudo de Alberta hacia Asia a través del Pacífico, suspende la normativa sobre producción de energía eléctrica limpia en la provincia y cancela la prohibición de tránsito de petroleros en las aguas de Columbia Británica.
La construcción de un nuevo oleoducto para exportar el petróleo de Alberta por la vecina Columbia Británica ha sido opuesta desde hace décadas por varias provincias del país, grupos indígenas así como medioambientalistas.
El exministro liberal, que antes de llegar al Gobierno era un conocido medioambientalista, afirmó que el controvertido acuerdo entre Ottawa y Alberta se realizó sin consultar a los pueblos indígenas ni autoridades provinciales.
"Además, un oleoducto a la costa oeste tendría un gran impacto medioambiental, particularmente ya que podría cruza el bosque pluvial Great Bear, contribuyendo a un significativo aumento de la contaminación, y alejaría a Canadá de sus objetivos de reducción de las emisiones de gases con efecto invernadero", explicó.
Guilbeault también cuestionó levantar la prohibición al tránsito de petroleros, que fue establecida en 1972, eliminar las normas de electricidad limpia para Alberta o establecer un nuevo subsidio para el sector petrolífero canadiense.
El político reconoció que la llegada de Donald Trump a la presidencia de EE.UU., y los cambios que ha supuesto a la relación bilateral, han provocado "trastornos profundos" al orden mundial y la economía a las que el Gobierno canadiense tiene que responder.
Pero Guilbeault añadió que "a pesar del difícil contexto económico", sigue convencido de que las cuestiones medioambientales deben seguir siendo prioritarias.