La decisión supone una victoria para el mandatario y permite que la herramienta pueda utilizarse ya en los comicios de medio mandato del próximo 3 de noviembre en los que el Partido Republicano se juega el control del Congreso.
El sistema en línea combina las bases de datos sobre ciudadanía, números de la Seguridad Social y otros datos confidenciales sobre millones de estadounidenses.
Demócratas y algunos grupos de defensor del voto temen que un gran número de votantes puedan quedar fuera de las elecciones.
El Tribunal Supremo se pronunció de emergencia y consideró que "el Gobierno Federal tiene la obligación de responder a las solicitudes de los funcionarios electorales estatales y locales que buscan verificar la ciudadanía de los votantes".
Los tres jueces liberales, encabezados por la magistrada Ketanji Brown Jackson, se opusieron.
"En mi opinión, sin embargo, el daño causado por imponer cargas o privar del derecho al voto incluso a unos pocos votantes legítimos supera el daño inexistente que experimenta el Gobierno cuando se le impide tomar una medida para la que probablemente carece de autoridad", escribió Jackson, con el apoyo de las juezas Sonia Sotomayor y Elena Kagan.
La decisión del Supremo influirá en los litigios abiertos en los tribunales inferiores sobre la reforma electoral de la Administración de Trump.
Esta decisión llega después de que los magistrados del Supremo rechazaran el plan del Gobierno para que el Servicio Postal examinara las papeletas de voto por correo.