La situación de las cooperativas motivó un fuerte debate, especialmente acerca de si las mismas debían considerarse como organizaciones intermedias, al mismo nivel que los partidos políticos y los sindicatos, o si debían tener un tratamiento particular.
Los senadores Sergio Godoy (ANR-HC) y Fernando Silva Facetti (PLRA, llanista), presidente y vicepresidente, respectivamente, de la comisión de Legislación, sostuvieron que la aplicación del sistema D’Hondt de representación proporcional era el sistema más democrático para asegurar la representación de las minorías en los Consejos Directivos de las cooperativas y que no había motivos para que las mismas sean consideradas de manera especial. Advirtió que el mantenimiento de las condiciones actuales permitía el manejo de las cooperativas por parte de clanes familiares.
Por su parte, el senador Eusebio Ramón Ayala (PLRA), de la comisión de Asuntos Constitucionales, dijo que la modificación de la ley de cooperativas pretendía desconocer los artículos 118 y 119 de la Constitución, que obliga a la representación proporcional y sostuvo que indiscutiblemente las cooperativas son organizaciones intermedias. Afirmó que no se puede justificar la violación constitucional por la importancia económica de esas organizaciones.
En el mismo sentido, Desirée Masi (PDP) y Bartolomé Ramírez indicaron que la representación proporcional era el sistema democrático establecido en nuestro país y modificarlo sería privilegiar a una minoría para que tenga el control de estas organizaciones en detrimento de los demás asociados. Masi dijo que no se podían hacer excepciones por el hecho de que las cooperativas sean exitosas o por el gran desarrollo que tuvieron en los últimos años.
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El único defensor del proyecto sancionado fue Stephan Rasmussen (PQ), que aludió a una ley aprobada ya en el Congreso, la 5501, que en su artículo 2º consagra la autonomía de las cooperativas y señala expresamente que “no son organizaciones intermedias”. Al respecto, el senador Godoy dijo que el hecho de que se haya establecido en esa ley no rebate los argumentos de que se debe cumplir la Constitución. El Ejecutivo definirá promulgación o veto.