Según la autopsia, Silva recibió cuatro impactos de bala, en el tórax y en el abdomen, su hijo Fernando Silva recibió 18 impactos de bala en el tórax, abdomen y en la coronilla; en el brazo izquierdo y en ambos miembros inferiores. Mientras que Isaac Peña acusó 14 impactos: en el rostro lado izuierdo, tórax y abdomen, en la espalda de hacia atrás para adelante, en ambas rodillas y en el hombro lado izquierdo.

Finalmente, Félix Peña recibió dos disparos en el pómulo lado izquierdo, en la nuca lado derecho y en la pantorilla del lado izquierdo con orificio de entrada y salida.

Según la hipótesis que manejan los investigadores, alrededor de seis personas participaron del asesinato, quienes a bordo de una camioneta blanca, se acercaron hasta Silva y los demás. Cuatro bajaron a perpetrar el hecho, dos a cara descubierta y otros dos con pasamontañas.

En el lugar del hecho se encontraron alrededor de 70 vainillas servidas de diferentes calibres, 5.56 y 7.62, pertenecientes a armas largas automáticas como M16 y AK 47, que utilizaron los sicarios. Además de vainillas 9 milímetros y punto 40, lo que  presume que hubo intercambios entre los delincuentes y los Silva; hipótesis que podrá corroborarse una vez que se cuente con las imágenes del circuito cerrado.

Luego del hecho, se realizaron varios allanamientos en los domicilios de Cornelio Esquivel alias “Mitu”, supuesto narcotraficante de la zona y enemigo de Magdaleno Silva, debido a que la camioneta que se utilizó para el atentado salió de una de las 10 casas de Esquivel.