Magnificat nació como una iniciativa de las Hermanas de María de Schoenstatt en Paraguay, en el año 2001. Fue tradicionalmente conocida como la casa que albergaba los encuentros de formación de las mujeres que pertenecerían a las Ramas Femeninas del Movimiento apostólico de Schoenstatt.

Con el transcurso de los años se fue constituyendo en una organización soporte y testigo de cientos y cientos de mujeres, adolescentes y hasta adultas, que fueron creciendo interiormente, formándose como personas fuertes, íntegras, libres y serviciales. La fundación fue creada con el fin de poder servir a muchas más personas y acompañarlas en su desarrollo y crecimiento integral a través de 3 ejes de trabajo: mujer, familia y sociedad.