Los sacerdotes de la congregación salesiana se instalaron en Concepción a principios del año 1900. Según el historiador Pedro Alvarenga Caballero, (ya fallecido), la construcción de la iglesia de María Auxiliadora empezó poco tiempo después del arribo de los religiosos en Concepción. Para la concreción de la obra se unieron varios ciudadanos que ayudaron de diferentes maneras para que la construcción culmine.

En la obra “Album Gráfico de Concepción” (1927), de Natalicio Olmedo, se menciona en una parte que “nuestra ciudad pues cuenta con dos iglesias y una capilla, esta última en el colegio María Auxiliadora. La iglesia de los salesianos, que puede juzgarse por las ilustraciones, es en su estructura una obra de sencilla arquitectura que compite con las primeras de la República…”.

El padre Carlos Heyn, en su libro: “La Comunidad Salesiana en Concepción Paraguay” (2000), señala algunos datos sobre la infraestructura de la iglesia.

“El hermoso interior estaba enriquecido por un retablo montado con molduras de estilo italiano y pintado a imitación de diversas piedras ornamentales. La obra, lastimosamente perdida, se debió al artista uruguayo Pedro de Alcántara”, expresa Heyn en su libro.

Los historiadores Dr. Pedro Ruso y Pbro. Carlos Heyn explicaron que el reloj que tiene en la torre la iglesia María Auxiliadora pertenece a la ciudad de Concepción, según está escrito en los registros de las actas del municipio. En el año 1911 se conmemoraba el centenario de la Independencia patria, por ese motivo la comuna adquirió el reloj y dejó a cargo de la iglesia el mantenimiento del aparato.

Según recordaron los escritores, el reloj fue traído de Italia y colocado en la torre del templo. Hasta ahora sigue funcionado perfectamente y es uno de los edificios referentes de la capital del primer departamento. La campana tiene una inscripción alusiva al centenario de la Independencia del Paraguay.