El primer patrono de Concepción fue San Agustín, pero en ningún documento se lo menciona, aunque sí se alude a la construcción de la iglesia (11 de junio de 1773), cuyo proyecto de construcción fue coordinado por el capitán Alonso Ortiz de Vergara y los mbayá. Cabe mencionar que, al morir el capitán, lo enterraron en el templo. La venida de la Inmaculada Concepción a esta ciudad como patrona fue a pedido del propio gobernador Pinedo. Existe una imagen tallada que lleva la fecha “3 de mayo de 1803”.
Se llamó “Real” en homenaje a Don Carlos II de España y “de la Concepción”, por ser un monarca devoto de esta advocación mariana.
A orillas del río Paraguay se construyó un fuerte, que se llamó San Agustín, y en años posteriores se instalaron otras fortalezas para la lucha contra los portugueses y los mbayá aliados; es el caso de Borbón y de San Carlos del Apa, que aún conservan su estructura rocosa, hoy restauradas y convertidas en hotel.
Las construcciones que hasta hoy se conservan son el ejemplo más claro del aporte arquitectónico de los inmigrantes. El casco histórico abarca unas 25 cuadras y con elegantes edificios, uno de ellos es el Cuartel de la época del Mcal. López, totalmente revitalizado mediante el apoyo de la Agencia Española de Cooperación Internacional para el Desarrollo. En este local actualmente funciona el Museo Municipal del Cuartel de la Villa Real.
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Otros edificios históricos son el Palacete Municipal, que data del año 1898, la mansión Otaño, la mansión Isnardi, Villa Ida, la mansión Albertini, el Palacio Episcopal, Villa Heyn, que hoy por hoy es sede de la Gobernación departamental de Concepción.
Durante 40 años, Concepción fue una villa netamente militar. Recién el 1812 se fundó el primer cuerpo civil de gobierno: el Cabildo, que funcionó en la zona de los edificios públicos, conocidos durante el período monárquico de Paraguay como las “casas del Rey”, según el historiador Pedro Alvarenga Caballero.