Oficialmente Salto del Guairá surgió en el año 1959, con la creación de una firma colonizadora que adquirió del gobierno unas 10 mil hectáreas y empezó a comercializar las tierras del lugar. Hasta entonces la zona era conocida como reservado diez, donde solo existían montes, animales silvestres y algunas que otras aldeas indígenas.
Pero según algunos registros históricos, que nadie sabe de dónde surgieron, fue el gobernador de Asunción Domingo Martínez de Irala quien había ordenado la fundación de Salto del Guairá, ya en el año 1552, ocasión en que visitó y apoyó a los guaraníes de la zona a expulsar a los tupíes.
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El encargo de fundar un pueblo en la margen derecha del río Paraná, a una legua de los saltos, fue dado al capitán García Rodríguez de Vergara que, a juzgar por la historia, incumplió el compromiso.
El 17 de octubre del año 1972 fue creada la primera junta parroquial, dependiente del distrito de Hernandarias. Posteriormente, nueve meses más tarde, el 30 de julio de 1973, fue creado el distrito de Salto del Guairá y una municipalidad de tercera categoría. Asumió como primer intendente el coronel (SR) Isabeliano Pimienta Medina, quien permaneció en el cargo hasta el fin del periodo dictatorial.