Neymar fue galardonado por un tanto espectacular contra el Flamengo en la liga brasileña, mientras que Messi había sido nominado por un gol frente al Arsenal y Wayne Rooney por otro ante el Manchester City.
Este premio, en homenaje al futbolista húngaro Ferenc Puskas, se decide por votación popular de los internautas.
Neymar, de 19 años, se convirtió en 2011 en la mayor figura del fútbol brasileño tras llevar a su club a ganar la Copa Libertadores y es una de las grandes esperanzas de la selección del país.
"Mi meta no es sólo ser el mejor jugador del mundo, sino poder disputar los mejores campeonatos, quiero ganar en ellos, y que lo de ser el mejor jugador del mundo sea una consecuencia de ello", comentó Neymar, muy satisfecho con poder lograr un premio importante en la gala anual de la FIFA.
"Quiero dar las gracias a Dios y a mi familia", apuntó cuando fue preguntado por quién pensaba en un día importante en su todavía corta carrera.
El premio al joven jugador, que varios clubes europeos quieren fichar, entre ellos el Barcelona y el Real Madrid, es una de las revelaciones del año por su juventud y su talento.
"Neymar es muy joven y tendrá una gran carrera", auguró Cesc Fabregas, del Barcelona, después de ganar al Santos 4-0 en la final del Mundial de Clubes, disputada el pasado mes de diciembre en la ciudad japonesa de Yokohama.
En ese torneo, el que algunos consideran como un posible sucesor de Messi no brilló y finalmente no hubo el duelo tan esperado entre La Pulga y su rival.
El propio Neymar había reconocido tras la final ganada por los azulgranas el Barcelona les había dado "una lección de fútbol" y reafirmó su admiración por el argentino.
"Hoy he tenido la oportunidad de enfrentarme a los dos mejores jugadores del mundo en mi opinión", dijo sobre Messi y Xavi Hernández,
Este lunes la Federación Internacional de Fútbol (FIFA) recompensó en su gala anual de premios el fútbol del Barcelona y otorgó el Balón de Oro a Messi, mientras que el galardón del mejor entrenador fue para Josep Guardiola.
El Balón de Oro femenino fue para la japonesa Homare Sawa ganó el Balón de Oro a la mejor jugadora del mundo, después de haberse coronado campeona mundial con su selección en Alemania-2011, y terminó con el reinado de la brasileña Marta, que había ganado cinco años seguidos.