El primer presidente fue Ramón Bareiro. El líder dirigencial actual es Miguel Ángel Cardona. El Decano es el más ganador del balompié nacional. Cuenta con 45 títulos ligueros, dos del extinto torneo República, uno de Copa Paraguay y uno de Supercopa Paraguay.

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A nivel internacional, el bautizado Rey de Copas conquistó ocho coronas. La más importante, la que le brinda el título de campeón del mundo, reconocido por la FIFA, es la Copa Intercontinental 1979. Fue tres veces ganador de la Copa Libertadores, en 1979, 1990 y 2002. Además ganó la Copa Interamericana 1980, la Supercopa Sudamericana 1990 y la Recopa Sudamericana 1991 y 2003.

En la actualidad, el club afronta una profunda crisis económica que en cierta medida merma su fuerza deportiva, ya que por un castigo de la FIFA, no puede realizar incorporación de jugadores.