Roberto Junior Fernández abrió su foja azulgrana en primera en 2007, luego de tres temporadas fue transferido como campeón a Estudiantes de La Plata de donde pasó a Racing de Avellaneda, luego de dos años. Del fútbol argentino pasó al de Países Bajos, cuando fichó por el FC Utrecht (2011-2012) y en el segundo semestre de 2012 retornó al barrio (2012-2014).
En el segundo semestre de 2014 pasó al Vitória del Brasil, que lo cedió a Figueirense, que en 2017 lo transfirió a Botafogo, del que se despidió a fines del año pasado después de ocho temporadas como campeón de la Copa Liberadores y del Brasileirão.
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Pasó ocho temporadas en el Fogão, del que se retira con honores para volver a su primer amor, en el que jugó su último partido el 6 de junio de 2014, en el empate de 5-5 con Guaraní, en la 18ª fecha del torneo Apertura. La foja registra 134 partidos (122 torneos locales) en el arco azulgrana.
Junior Fernández retorna además a Cerro Porteño como portero titular de la recuperada selección paraguaya y reemplazará al brasileño Jean Fernandes, quien no es considerado por el entrenador argentino Diego Martínez.
El estreno del Ciclón en el torneo Apertura será frente a Libertad, en La Nueva Olla, el domingo 26 de enero, a las 20:45. Luego se vendrán los partidos contra Luqueño, tres días después, y Nacional, el 1 de febrero.