La historia refiere que el 1 de noviembre de 1924, entusiastas jóvenes decidieron formar un club deportivo en la zona de Zavala Cue (Kokuere), entonces distrito de San Lorenzo, hasta que en 1939 se fundó la ciudad de Fernando de la Mora.
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El nombre de Sport Colombia se debe al apoyo que dio el pueblo y gobierno colombiano al Paraguay durante la Guerra de la Triple Alianza (1865 a 1970) contra Argentina, Brasil y Uruguay.
El primer presidente de la entidad fue don Valeriano Ozuna. Su actual titular es Miguel Mayeregger.
El Toro fernandino, actual componente del circuito de la Primera División B, la tercera categoría de nuestro fútbol, totalizó 16 temporadas en la élite de nuestro fútbol.
Debido a un profunda crisis internacional, el Sport Colombia quedó fuera del circuito de la APF en 2018 y 2019.
Retornó con fuerza, ascendiendo de la Primera C a la B, en la que se encuentra actualmente, con el objetivo de seguir adelante hasta regresar a la división de Honor.