En el comienzo de las eliminatorias para el Mundial teutón el titular del arco de la selección paraguaya fue el “Mono” Ricardo Tavarelli. Pero la derrota en Lima, frente a Perú, por 4-1, en el inicio del selectivo hizo que el “Maño” Aníbal Ruiz le confiara la titularidad a Villar. Así transcurrió toda la eliminatoria con la angustiosa clasificación de la Albirroja, tras ganarle seguidamente a Argentina, en el Defensores del Chaco ,y a Venezuela, en Maracaibo, en ambos partidos por 1-0.
Villar ya había participado del Mundial pasado, en Corea – Japón 2002, pero como el tercer arquero, por detrás del “Mono” y de Chilavert. Su carrera iba en franco ascenso. Se había proclamado campeón con Newell's Old Boys de Rosario, Argentina y esperó por mucho tiempo su oportunidad de poder ser protagonista de un Mundial.
Pero estaba escrito que no sería así. Ya a los cinco minutos del partido de estreno contra Inglaterra empezaron los infortunios para Villar y los paraguayos, con el gol en contra de Carlos “Colorado” Gamarra.
Tres minutos después ocurrió lo peor, cuando Villar salió a cortar un contragolpe inglés, rechazando el balón con tanta mala fortuna que sufrió el desgarro en la pantorrilla derecha.
Así, a los ocho minutos se acabó el Mundial para Villar. Pero el fútbol le tenía preparada la revancha. Cuatro años más tarde, en Sudáfrica 2010, Justo Wilmar brilló con luz propia, atajando penales y realizando tapadas milagrosas que le valieron a la Albirroja para llegar por primera vez en la historia hasta los cuartos de final de una cita ecuménica.